南京审计学院作为审计学的老牌名校，有很多特色专业：审计科学与技术、现代审计科学、应用经济学为江苏高校优势学科，理论经济学为江苏省一级重点培育学科，法学、公共管理、统计学为江苏省一级重点建设学科。审计学、金融学、财政学为教育部特色专业建设点，审计学、金融学专业获批为教育部“专业综合改革试点项目”；审计学、金融学类、财政学类、工商管理类、管理科学与工程类为江苏省“十二五”重点专业，审计学、金融学为江苏省品牌专业。

　　为了满足学生自主性学习、个性化培养、多元化发展的需要，学校不断探索、逐步形成了独具特色的多样化人才培养模式。

　　（1）“本科学历教育 + 国际执业资格教育”培养模式。从1997年起，学校在本科教育中先后引入了ACCA（英国特许公认会计师）、CIA（国际注册内部审计师）、AICPA（美国注册会计师）、CFA(特许金融分析师) 、CISA（国际注册信息系统审计师）等国际执业资格认证教育，培养得到国际直接认可、具有国际水准的高级审计与金融管理人才。

　　（2）“国内学历教育＋国际学历教育”培养模式。学校与澳大利亚等国的大学合作开办“3+1+1”模式培养项目，满足了学生接受国际学历教育的需要。

　　（3）“跨学科复合型人才”培养模式。为适应社会发展对复合型财经类人才的需求，学校复合出工程审计、金融企业管理、管理审计CIA、法务会计、法务金融、计算机审计、信息系统审计、数理金融、经贸英语等专业方向，培养跨学科复合型人才，提高学生就业竞争能力。

　　（4）“境外交流学习”培养模式。学校与美国等国家和地区的名校开展交换生项目，互认学分。学校是首批“江苏省大学生海外实习计划”试点院校之一。